Install R packages for scRNA-Seq

do not use anaconda R install biocInstaller install workflow: source("http://bioconductor.org/workflows.R") workflowInstall("simpleSingleCell")

Advertisements

cross-validation

分成多分,留一份验证。K-fold cross-validationIn k-fold cross-validation, the original sample is randomly partitioned into k equal size subsamples. Of the k subsamples, a single subsample is retained as the validation data for testing the model, and the remaining k − 1 subsamples are used as training data. The cross-validation process is then repeated k times (the folds), with each of … Continue reading cross-validation

做没有用的科研

昨天跟同事聊天听到一个消息。楼下的诺贝尔奖得主霍夫曼(2011年)要在中国建实验室,和中国做一些免疫学方面的合作。结果给中国否了,原因是这方面的研究“没有用”。其实仔细想想,多少杰出的成就是“有用”的?另一个同事在纳米方面做了不错的东西去中国开会,发现所有的报告都和应用相关,她做完报告后,别人会问她“你这个有什么用?”中国人太务实了,我们确实要讨论一下“有用”和“没用”了。科研的好坏其实不能用“有用”和“没用”来衡量,我身边多数的同事都在做基础科研,基础科研的优劣是无法以“有用”来衡量的。基础科研就是你发现了新的东西,明白了原来不明白的,那就是成功了。如果要论有用,那么就不要做科研了,就做工程好了。那么也就不需要科学家了,只需要工程师。在国内的时候还上过科技传播的课,回头想想确实是可悲的,当时科技传播的老师并不理解科学和技术的差别。他会拿袁隆平作为科学家的代表,严格意义上讲袁隆平所做的杂交水稻,在理论背景上是比较成熟的,他的创造主要在于技术改造层面。却没有听说过袁有什么科学发现。现在的国人功利心太重,什么都拿有没有用,或者是拿钱来衡量。这也就是中国为什么没有诺贝尔奖的土壤,为什么中国一直在抄袭、模仿而没有自己的创新的科研。好的科研是对未知的探索,不会考虑有用没用。谁能说相对论的理论有多少实际效用,谁能说肖邦的夜曲有多少实际效用,谁能说齐白石的虾有多少实际效用?科学和艺术其实是很接近的东西,真正的科学和真正的艺术都是大师们不顾一切对热衷的领域的探索。当然,目标不是为了做出什么有用的东西,因为东西有用并不是可预见的,也不是科学家和艺术家需要考虑的问题。如果国家真的要进步,要科学,那么就支持那些所谓的“没用”的科研吧,不做基础理论的研究,永远就只能跟着别人。法国有一档娱乐类的电视节目,是专门为科研募捐。中国有的是为“超女”疯狂,却为什么中国不做这样的电视节目?是做不到?是不想做?还是觉得没有用?所以,不要再问中国什么时候出诺贝尔奖,先问什么时候中国投钱做“没用”的科研。

new paper available: RNA structure analysis of human spliceosomes reveals a compact 3D arrangement of snRNAs at the catalytic core

ArticleThe EMBO Journal advance online publication 3 September 2013; doi:10.1038/emboj.2013.198 Published online: 3 September 2013RNA structure analysis of human spliceosomes reveals a compact 3D arrangement of snRNAs at the catalytic coreMaria Anokhina1, Sergey Bessonov1, Zhichao Miao2, Eric Westhof2, Klaus Hartmuth1 and Reinhard Lührmann1Department of Cellular Biochemistry, Max Planck Institute for Biophysical Chemistry, Göttingen, GermanyArchitecture et … Continue reading new paper available: RNA structure analysis of human spliceosomes reveals a compact 3D arrangement of snRNAs at the catalytic core